Het Landelijk Kenniscentrum Kinder- en Jeugdpsychiatrie is in januari 2002 opgericht naar aanleiding van het beleid van het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS), dat was gericht op het ontwikkelen en opzetten van kenniscentra in de ggz (zie: ‘Beleidsvisie Geestelijke Gezondheidszorg‘, 1999 en ‘Beleidsvisie kenniscentra ggz’, 2001). In eerste instantie financierde het ministerie van VWS het Landelijk Kenniscentrum met Accare als penvoerder. Het hoofd van het Kenniscentrum Kinder- en Jeugdpsychiatrie was in die tijd de heer prof. dr. R.B. Minderaa, hoogleraar Kinder- en Jeugdpsychiatrie en lid van de Raad van Bestuur van Accare. Op 30 november 2006 zijn tijdens een landelijk congres de producten van het Landelijk Kenniscentrum breed gepresenteerd en besproken. Besloten werd om het Landelijk Kenniscentrum in de toekomst in stand te houden. Vanaf april 2009 is het Landelijk Kenniscentrum Kinder- en Jeugdpsychiatrie ondergebracht in een Stichting. Leden van de Raad van Bestuur van de zeven instellingen die het Landelijk Kenniscentrum op dat moment financierden, vormden het bestuur van het Landelijk Kenniscentrum Kinder- en Jeugdpsychiatrie. Dit waren Accare, Curium-LUMC, de Bascule (nu: Levvel), De Jutters (nu: Youz), Karakter, Triversum (nu: GGZ Noord-Holland Noord) en Yulius.

Per 1 januari 2014 zijn het Landelijk Kenniscentrum Kinder- en Jeugdpsychiatrie en de Vereniging Routine Outcome Monitoring Consortium Kinder- en Adolescentenpsychiatrie (ROMCKAP) ondergebracht in één vereniging: het Kenniscentrum Kinder- en Jeugdpsychiatrie. Het bundelen van de krachten van het Kenniscentrum en ROMCKAP heeft geleid tot een organisatie die praktische kennis bundelt en het resultaat van de kinder- en jeugdpsychiatrische zorg in kaart brengt. Het RDI (Research Data Infrastructure) heeft in 2018 ROMCKAP opgevolgd. Terwijl ROMCKAP meer op het benchmarken gericht was, richt het RDI zich meer op de onderzoekskant. De infrastructuur die het Kenniscentrum samen met het LUMC heeft neergezet maakt het mogelijk om praktijkdata op een goede en veilige manier beschikbaar te maken voor wetenschappelijk onderzoek.