Deskundigen zijn het erover eens dat kinderen (ook adolescenten) met PTSS in de eerste plaats met psychologische middelen moeten worden behandeld en dat medicatie niet standaard mag worden gebruikt (AACAP, 1998; NICE, 2005). Daarbij speelt een rol dat nog weinig onderzoek is gedaan naar de effectiviteit van medicatie en vrijwel alleen in open onderzoek, terwijl van psychologische behandelingen de effectiviteit inmiddels wel is aangetoond. Kennelijk komen bij kinderen met PTSS problemen voor die onvoldoende lijken te reageren op psychologische behandeling, waardoor toch een beroep wordt gedaan op medicatie. Bij gebrek aan onderzoeksgegevens over kinderen worden noodgedwongen aanbevelingen voor volwassenen geëxtrapoleerd naar kinderen. Dit gebeurt vaker in de kinder- en jeugdpsychiatrie, maar is aanvechtbaar, omdat farmacodynamiek, farmacokinetiek en bijwerkingenprofiel belangrijk kunnen verschillen tussen volwassenen en kinderen.

Voor de psychofarmacologie zijn vooral die in de neurotransmittersystemen belangrijk, omdat medicatie daar aangrijpt. Waarschijnlijk hangen de verschillende symptoomclusters van PTSS samen met verschillende neurotransmittersystemen (Donnelly, 2003).

Theoretisch zou op grond van deze samenhang het beste middel voor elke symptoomgroep kunnen worden gekozen. In de praktijk blijkt de samenhang tussen medicatie en symptomen minder eenduidig. Dit komt doordat de verschillende neurotransmitter systemen (serotonerg, dopaminerg, adrenerg, etcetera) onderling verband houden, waardoor psychofarmaca die geacht worden specifiek op een bepaald systeem aan te grijpen vaak ook veranderingen op afstand teweegbrengen. Daardoor moet de keus voor een bepaald middel vaak nog via trial and error gebeuren.