De begeleiding van kinderen met genderincongruentie zal zich richten op het verminderen van het ongemak rondom de genderincongruente gevoelens, het bieden van hulp voor bijkomende problematiek en het verbeteren van het welzijn van het kind. Professionals zijn het erover eens dat er voorafgaand aan de puberteit geen medische behandeling wordt ingezet (Steensma e.a., 2018).

Ouders hebben vaak vragen over de opvoeding van hun kinderen met genderincongruente gevoelens. Zij hebben veel vragen over hoe zij het beste hiermee om kunnen gaan. Over de ontwikkeling van kinderen met genderincongruente gevoelens is niet met volle zekerheid te stellen dat zij zich ook op latere leeftijd zo zullen identificeren (en een medische behandeling wensen). De begeleiding van kinderen en ouders is er daardoor vooral op gericht hoe om te gaan met deze onzekerheid, hoe om te gaan met huidige wensen van bijvoorbeeld gender expressie (bijv. kledingkeuze, aanspreekvorm etc.). De begeleiding is er daarbij altijd op gericht dat het kind zich vrij kan exploreren, het zelfbeeld wordt verstevigd en dat daarbij nog geen ontwikkelingspaden worden afgesloten voor de toekomst. Het kind moet kunnen zijn wie het is in een vrije omgeving maar zonder dat hiermee keuzes voor de toekomst (je wordt man of vrouw en je krijgt een behandeling) worden vastgelegd. Als er ook bijkomende psychische klachten zijn, kan er aanvullende behandeling of begeleiding worden ingeschakeld in de vorm van bijvoorbeeld PMT of speltherapie in de eigen buurt. Ook de school kan een rol nemen in de begeleiding van het kind en de ouders. Ze kunnen hierbij ondersteund worden door genderteams of Transvisie.

Een vraag waar ouders verder mee kunnen komen is wanneer het juiste moment is voor een sociale transitie of geslachtrolwisseling. Conform bovenstaande is het advies om ontwikkelingspaden zoveel en zo lang mogelijk open te houden bij kinderen met genderincongruentie. Het ervaren van het begin van de puberteit lijkt een essentiële ervaring; daarna verdwijnen de genderincongruente gevoelens nog zelden.