Veertig tot negentig procent van de jongeren met een depressie vertoont comorbide een andere psychiatrische stoornis en 20-50% heeft twee of meer comorbide diagnoses naast de depressie. Van jongeren met een dysthyme stoornis (persisterende depressieve stoornis) heeft 70% tevens een depressieve stoornis en 50% een andere stoornis. Gedacht moet worden aan een gedragsstoornis (ODD/CD), angststoornis, ADHD, trauma (PTSS),  autisme, obsessief-compulsieve stoornis, somatoforme stoornis, enuresis of encopresis, alcoholmisbruik, eetstoornis en lichte verstandelijke beperking. Bij jongeren met een persoonlijkheidsstoornis (bijv. borderline persoonlijkheid) of autisme is vaak sprake van comorbide depressie. Wanneer sprake is van comorbiditeit bij depressies is er een grotere kans op de terugkeer van de depressie, een langere duur van de depressie, een groter suïciderisico, grotere functionele beperkingen (sociaal, werk, school), minder gunstige behandelingsrespons en meer gebruik van medische diensten. Op basis van gegevens over bijvoorbeeld verloop en werkzaamheid van behandeling pleiten sommige auteurs ervoor om comorbide depressieve stoornis en gedragsstoornis als een afzonderlijke stoornis te beschouwen. Vanwege het vele voorkomen van depressies bij jongeren met andere psychiatrische stoornissen, is het van belang om in principe bij alle patiënten te screenen op depressieve symptomen.

Bij een depressieve stoornis op de kinder- en jeugdleeftijd moet rekening worden gehouden met de mogelijkheid dat bij een klein deel van de depressieve kinderen en pubers de depressie een voorloper is van een bipolaire stoornis. Met name bij een familiaire belasting met een bipolaire stoornis is deze kans aanwezig. Psychomotore retardatie, pathologische schuldgevoelens, stemmingsschommelingen (‘s ochtends somberder), psychotische verschijnselen, atypische symptomen zoals toegenomen slaapbehoefte zijn symptomen die vaker voorkomen bij depressies die later overgaan in een bipolair beeld (Smith & Craddock, 2011).