Comorbiditeit komt vaak voor bij eetstoornissen, met name stemmingsstoornissen, angststoornissen, obsessief compulsieve stoornis en persoonlijkheidsstoornissen. Wanneer sprake is van comorbiditeit is Het is belangrijk om de aard en ernst van de eventuele comorbide psychische stoornissen vast te stellen en te relateren aan het ontstaan en/of voortbestaan van de eetstoornis.

Als er zicht is op de onderlinge relatie van de psychische stoornissen kan bepaald worden of de eetstoornis op de voorgrond staat en of de behandeling van de eetstoornis, in het licht van verdere diagnostiek, de prioriteit heeft (Trimbos, 2006b). Een sombere stemming of depressie komt veel voor en is doorgaans secundair aan een eetstoornis. In dat geval kan gewoon gestart worden met een CGT-behandeling. Als na ongeveer 4 weken blijkt dat de therapie niet aanslaat en de stemmingsproblemen op de voorgrond blijven staan, kan een andere vorm specifiek voor stemmingsproblemen overwogen worden. Een van de opties is interpersoonlijke therapie, zowel effectief bij depressie als bij boulimia nervosa.

Door de overlappende criteria van BN en borderline persoonlijkheidsstoornis komt in de praktijk soms over-diagnostiek voor. Cliënten met een eetstoornis en persoonlijkheidsproblematiek hebben evenveel aan een CGT-behandeling voor eetstoornis als cliënten met een eetstoornis zonder persoonlijkheidsproblematiek (Jansen, 2006).