De diagnostiek van een bipolaire stoornis kan gecompliceerd zijn. In het bijzonder moet de bipolaire stoornis worden gedifferentieerd van ADHD en van somatische (met name endocriene) ziekten en van een door psychofarmaca geïnduceerde manie. Wanneer er sprake is van een manie met psychotische symptomen kan de differentiatie van een psychotische stoornis gecompliceerd zijn.

Als comorbide stoornissen zijn o.a. beschreven ADHD, angststoornissen, gedragsstoornissen en alcohol- en drugsmisbruik.