Comorbiditeit komt vaak voor bij anorexia nervosa, met name affectieve stoornissen, angststoornissen, obsessief compulsieve stoornissen en persoonlijkheidsstoornissen. Wanneer sprake is van comorbiditeit is geïntegreerde behandeling noodzakelijk. Het is belangrijk om de aard en ernst van de eventuele comorbide psychische stoornissen vast te stellen en te relateren aan het ontstaan en/of voortbestaan van de eetstoornis. Als er zicht is op de onderlinge relatie van de psychische stoornissen kan bepaald worden of de eetstoornis op de voorgrond staat en of de behandeling van de eetstoornis, in het licht van verdere diagnostiek, de prioriteit heeft (Trimbos, 2006b).

Soms lijkt persoonlijkheidsproblematiek de behandeling van de eetstoornis in de weg te staan. Adolescenten met comorbide persoonlijkheidsproblematiek profiteren echter evenveel van de behandeling van de eetstoornis, als jongeren zonder bijkomende persoonlijkheidsproblemen (Jansen, 2006).